Военные годы в истории Воронежского инженерно-строительного института занимают особое место. Вся его научная, учебная, общественная жизнь в эти годы стала определяться военными условиями и задачей мобилизации работы всего коллектива, направленной на помощь фронту.
За годы войны учеными были выполнены многие десятки научно-исследовательских работ, которые имели важное оборонное и народнохозяйственное значение.
Во время войны многие научные работники, преподаватели и студенты института ушли на фронт. Некоторые из них отдали свою жизнь за Победу: Говорухин И.М., Кириленко В.Ф., Клеймёнов М.И., Комаров Е.А., Копытин Б.А., Макаров В.В., Минервин В.В., Морозов B.C., Салехов С. В., Толмачёв А.И., Тростянский Б.Г., Трунов М.И., Ушков В.Д., Чалых А.Д., Щербаченко Ю.С. и др.
За несколько дней до начала Великой Отечественной войны, 19 июня 1941 г., ВИСИ был в очередной раз реорганизован – теперь уже в Воронежский авиационный институт (ВАИ), который в декабре того же года вместе с научным оборудованием был эвакуирован в город Ташкент. В 1944 г. было принято решение о возвращении части ВАИ в Воронеж (институту вернулось прежнее наименование - ВИСИ), другая часть ВАИ из Ташкента была направлена в г. Куйбышев и вошла в состав Куйбышевского авиационного института (ныне Самарский государственный аэрокосмический университет). Некоторые преподаватели и студенты уехали в г. Ленинград возрождать Ленинградский институт авиационного приборостроения (ЛИАП), а на оставшейся материальной базе института в Ташкенте был создан Авиационный техникум им. В.Чкалова.